Akut molekylär-diagnostik i labprover, PCR, mm

Läkarens bedömning, åtgärder och behandling

• Se exempel nedan angående tillgängliga PCR-prover!


• För närvarande (2020) är PCR, (Polymerase Chain Reaction), den teknik inom begreppet molekylär medicin som används mest inom sjukvården, och inte minst inom infektionsmedicin, onkologi och akutsjukvård.
  Den molekylära medicinen omfattar också specifika, inte sällan immunpåverkande läkemedel med selektiv verkan mot maligna tumörer, såsom akut lymfatisk leukemi, melanom, storcelligt B-cellslymfom, eller mot vissa typer av bröstcancer, liksom mot andra svårbehandlade sjukdomar, som myasthenia gravis, eller multipel skleros.
  Diagnostik och karakteristik med molekylära tester av vissa sjukdomar, är också möjlig, exempelvis bröstcancer, epilepsi, inborn errors of metabolism, och colorektalcancer.
• Molekylärt aktiva läkemedel är verksamma specifikt på DNA/RNA-nivå. Utvecklingen går snabbt. Vi lär få se betydligt fler möjliga prover och behandlingar via akut molekylär diagnostik under de närmaste åren. Metoder som NGS och WES kommer att bli vanligare och billigare, liksom användning av specifika genpaneler inom diagnostiken.


Om PCR
Viktigt att veta vid beställning av PCR-prover:

• Provet behöver inte vara levande (för diagnostik), bara det finns DNA eller RNA från aktuellt agens i provet.
• Provsvar går optimalt att få under loppet av en dag, (kräver uppskalning av nukleinsyrorna och sedan analys), undantagsvis cirka 2 timmar för akutanalyser mot influensa, meningit, encefalit och noroviroser.
• Man kan bara få svar på det som PCR-metoden avser, eller det som testet ska påvisa! (Till exempel vid meningit eller influensa).
• PCR ersätter inte odlingar! Ta alltid odlingar, precis som vanligt!
• När metod finns kan man utföra PCR-analyser för diagnos av bakterier, virus, parasiter via biologiskt material. Förekomst av ett visst agens (ibland även aktuella virusnivåer, ev resistens) kan alltså visas, även då odlingar råkar bli negativa.
• Diskutera med det kliniska laboratoriet vilken teknik som är bäst lämpad i speciella fall! Följ lokala provtagningsanvisningar!
• I särskilda lägen kan PCR-tekniken ha stor betydelse. Det kan exempelvis gälla misstänkta indexfall av influensa eller gastroenteriter – kan patienten läggas på vanlig avdelning eller ej?


Tillgängliga PCR-tester för akutverksamhet (exempel):
Mikrobiologi-PCR från serum/plasma, borstprov, NPH, sputum, sekret, spinalvätska, faeces, mm:


• Bakterier: Legionella, pneumocystis, chlamydophila, mycoplasma, pertussis, parapertussis, TB (mycobakteriers MTB-komplex), Chl. Pneumonie, Chl Psittaci, Tularemi (på sår och körtlar), och vid meningoencefaliter H. Infl, meningokocker, pneumokocker, streptokocker GBS, med flera.
• Akut multiplex-realtids-PCR, (1-2 ml liquor i separat rör), kan användas vid meningoencefalit (Panel med 14 olika agens (bakterier, virus, och svampar) som kan ge akut CNS-infektion. Hit hör bland andra H. Infl, meningokocker, pneumokocker, streptokocker GBS, Listeria och kryptokocker.
• Virus: Influensa, Metapneumovirus, RSV, Hepatit B och C, CMV, EBV, HIV1 inkl genotypning, HSV1, HSV2, VZV, Parvovirus, BKV och JCV (polyomavirus), luftvägsvirus (panel mot Adenovirus, Coronavirus, Parainfluensavirus, Rhinovirus, Bocavirus, och Enterovirus), Calicivirus (Noro G1 och G2, Sapo), Rotavirus, HPV.
• Övriga agens: Exempel: Svamp (kryptokocker) och parasiter (toxoplasma).

Se även